氣相色譜儀器結構組成部件種類多，故障類型繁復，難以言盡。但是，多數問題的發生都有章可循。
一方面，氣相色譜儀器多數問題出現原因在于儀器缺乏維護，如沒有及時更換耗材(進樣墊、襯管、O型圈以及氣體凈化裝置等)；
另一方面，則是由于沒有按照正常的規程和要求進行儀器操作，如色譜柱安裝的長度不對等；再次則可能是由操作人員分析過程引起，如樣品前處理不當，手動進樣不熟練等；最后可能由實驗室環境及儀器故障引起，包括實驗室電路接地不佳、管路漏氣、部件損壞等。
當使用氣相色譜遇到故障/問題時，常見的排查思路主要包括三個方面：儀器維護排查、操作因素排查和流路分段排查。
1、儀器維護排查
儀器維護排查主要指的是定期對儀器常用的耗材，部件進行檢查、更換和維護。常見的耗材維護包括氣體凈化裝置(除水、除氧和除烴裝置)、進樣口進樣墊(進樣隔墊、注射墊)、襯管、O型圈、分流部件(分流平板、毛細柱適配器)和分流捕集阱等，儀器部件維護則主要包括色譜柱的老化、FID檢測器噴嘴、收集極的清洗，ECD的高溫老化等。
對于儀器使用而言，重要的是建立良好的使用習慣，以襯管、進樣隔墊和O型圈為例：可以在儀器上設置進樣次數的提示；如果沒有該項功能，可以根據使用頻率做好使用臺賬，或者規定每天、每周或者每月的第1天進行更換。
2、操作因素排查
進行上述常見的維護可以避免較多的儀器問題排查過程，節省使用時間和維護精力；除此之外，當儀器出現故障/問題時，首要的排查思路是操作因素排查——即考慮儀器最近有那些操作，如更換了色譜柱之后儀器不出峰，考慮是否色譜柱在進樣口端和檢測器端安裝長度不對；如更換了載氣鋼瓶之后檢測器基線噪聲大，考慮是否氣體凈化裝置需要更換甚至載氣純度是否不佳。
3、流路分段排查
對于一些分析而言，故障原因比較容易找到，比如能夠明確是儀器污染、儀器漏氣，但是污染點、漏氣點卻不好判斷，這種情況下常見的操作是采用流路分段排查——即逐段分析，判斷故障點。
例如采用熱解吸-氣相色譜法分析苯系物不出峰，常見的原因是系統漏氣，如果采用流路分段排查進行漏氣點尋找，首先可以在氣相色譜進樣口直接進樣觀察是否出峰，如果直接進樣出峰說明故障點在熱解吸裝置而非氣相色譜(如進樣口漏氣等)，縮小了排查范圍之后，再對熱解吸裝置的各個密封點進行檢漏，可以大大加快故障排查速度。
另外的例子是石油烴的測定，儀器分析樣品之后，空白運行有大量的殘留峰，即使更換襯管、進樣墊之后仍然沒有改善，說明儀器有殘留污染。
污染位置的排查方法是：
首先取下檢測器端的色譜柱并使用堵頭堵死檢測器下端進行FID點火后的動態基線觀察，如果基線正常說明檢測器無問題；
然后取下色譜柱在另外儀器上進行空白運行，如果空白運行無殘留峰說明色譜柱無問題；
以上說明污染存在于進樣口，最后需要對進樣口的襯管、分流平板，分流捕集阱乃至管路進行清洗。
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