為了與一般的普通食品相區別，綠色食品實行標志管理。綠色食品標志由特定的圖形來表示。綠色食品標志圖形由三部分構成：上方的太陽、下方的葉片，和菇蕾。標志圖形為正圓形，意為保護、安全。整個圖形描繪了一幅明踞陽光照耀下的和諧生機，告訴人們綠色食品是出自純凈、良好生態環境的安全、無污染食品，能給人們帶來蓬勃的生命力。綠色食品標志還提醒人們要保護環境和防止污染，通過改善人與環境的關系，創造自然界新的和諧。綠色食品標志商標作為特定的產品質量證明商標，已由中國綠色食品發展中心在國家工商行政管理局注冊，從而使綠色食品標志商標專用權受《中華人民共和國商標法》保護，這樣既有利于約束和規范企業的經濟行為，又有利于保護廣大消費者的利益。綠色食品商標已在國家工商行政管理局注冊的有以下四種形式： 

綠色食品與普通食品相比有三個顯著特征：

1.強調產品出自生態環境。綠色食品生產從原料產地的生態環境入手，通過對原料產地及其周圍的生態環境因子嚴格監測，判定其是否具備生產綠色食品的基礎條件，而不是簡單地禁止生產過程中化學合成物質的使用。這樣既可以保證綠色食品生產原料和初級產品的質量子又有利于強化企業和農民的資源和環境保護意識，最終將農業和食品工業發展建立在資源和環境可持續利用的基礎上。

2.對產品實行全程質量控制。綠色食品生產實施“從土地到餐桌”全程質量控制，而不是簡單地對最終產品的有害成份含量和衛生指標進行測定，從而在農業和食品生產領域樹立了全新的質量觀。通過產前環節的環境監測和原料檢測，產中環節具體生產、加工操作規程的落實，以及產后環節產品質量、衛生指標、包裝、保鮮、運輸、儲藏、銷售控制，確保綠色食品的整體產品質量，并提高整個生產過程的技術含量。

3.對產品依法實行標志管理。綠色食品標志是一個質量證明商標，屬知識產權范疇，受《中華人民共和國商標法》保護。政府專門機構管理綠色食品標志，這是一種將技術手段和法律手段有機結合起來的生產組織和管理行為，而不是一種自發的民間自我保護行為。對綠色食品產品實行統一、規范的標志管理，不僅使生產行為納入了技術和法律監控的軌道，而且使生產者明確了自身和對他人的權益責任，同時也有利于企業樹立商標保護意識，提高企業和產品的社會度和影響力。