本序列掃描儀由獲獎的光學，電子和軟件設計等幾部分組成。因其價格區間和臺式小巧的設計，使它非常適合個人實驗室使用。分辨率 5-100 微米/Pixel，且用戶可調，8個濾光片位置的濾光片輪，2 個激光選擇，順序掃描。
產品概述：
GenePix 4100A 是 MD 公司推出基礎款微陣列基因芯片掃描儀，采用非共聚焦光路，在兩個波長下（532nm/635nm）分別掃描讀取數據；配有 2個半導體激光器，激光器輸出功率固定，并利用自動溫度控制和自動功率控制反饋回路保持輸出功率穩定；分辨率在 5～100 μm 范圍內可調，分辨率為5 μm 時掃描時間為12分鐘，分辨率為10 μm 時掃描時間為5分鐘；可掃描 25 mm×75 mm 尺寸的標準生物芯片，用戶可定義的掃描面積為 22 mm ×73 mm；光電倍增管測量，16位數字化信號輸出；硬件和軟件高度集成，GenePix 4100A 微陣列基因芯片掃描儀具有基因芯片掃描儀所有的特質：如超高靈敏性，可靠性和易操作性。實惠的價格和緊湊設計使得它更適合在小實驗室中使用。
主要特點：
1.采用非共聚焦光路設計：GenePix 4100A 具有大景深檢測能力，可以在各種微陣列芯片表面收集更多的光學信號，同時也能夠避免附近雜散光的干擾。
2.內置多位的濾光輪，可大大提高熒光染料檢測的靈活性：GenePix 4100A 中設計有一個8位的發射濾光片轉輪，標配有紅色和綠色濾光片。根據需要還可以再裝6個濾光片，提高了靈活性。
3.動態監測激光光源：GenePix 4100A 采用*的激光器，配合了的強度校正系統，保證在圖像中的所有像素點具有相等的曝光效率。內置所有激光器均具有自動校正功能，可以動態監測激光器微小的波動，大大提高了信號噪聲比，保證獲取的數據具有高度重復性。
4.PMT 自動平衡技術以及分辨率調節技術于一體：GenePix 4100A 支持用戶在 5-100 μm范圍內隨意調節其分辨率來獲取數據。可針對具體實驗的需求優化圖像分辨率和文件的大小，并且具有自動調節 PMT 增益的功能，可簡便、快速對信號強度和通道的平衡進行優化。
應用領域：
基因芯片技術：DNA基因表達、陣列比較基因組雜交 (aCGH)、染色質免疫沉淀 (ChIP-on-Chip)、拷貝數變化 (CNV)、DNA 甲基化、SNP 分型、雜交測序、RNAi 和 microRNA 檢測
蛋白芯片技術：蛋白質組學、ELISA、抗體芯片、抗原芯片、蛋白-蛋白結合、蛋白-細胞相互作用、組織微陣列、細胞微陣列、碳水化合物微陣列、化合物微陣列、微流控芯片、納米技術微陣列
實驗舉例：
正常情況下，人類基因組“垃圾”序列的 CpG 二核苷酸相對稀少，并且總是處于甲基化狀態，與之相反，人類基因組中大小為100-1000 bp 左右，富含 CpG 二核苷酸的 CpG 島則總是處于未甲基化狀態，并且 CpG 島常位于轉錄調控區附近，與56%的人類基因組編碼基因相關，因此基因轉錄區 CpG 島的甲基化狀態的研究就顯得十分重要。利用芯片掃描儀可分析測試 DNA 的甲基化水平并與參考 DNA 進行比較。
